Nach Bewilligung des Projektes durch den Lenkungsausschuss stellt das Programmsekretariat die Zuschussbewilligung aus beziehungsweise bereitet den Zuschussvertrag zwischen der transnationalen Verwaltungsbehörde und dem Lead Partner vor. Nach Vertragsunterzeichnung und Projektbeginn reicht der Lead Partner im Auftrag der Projektpartnerschaft halb-, bzw. ganzjährlich einen Bericht über durchgeführte Projektaktivitäten beim Programmsekretariat ein und beantragt die Auszahlung der EFRE-Mittel auf der Basis geprüfter Rechnungen für bereits getätigte Ausgaben. Die bisherige Erfahrung zeigt, dass eine Auszahlung der Zuschüsse an den Lead Partner nach der Berichterstattung mehrere Monate in Anspruch nehmen kann (in der Regel arbeitet das Sekretariat in der Reihenfolge des Eingangs). Die Dauer der Weitergabe der an den Lead Partner ausgezahlten Zuschüsse an die Projektpartner hängt von der internen Organisation der einzelnen Projekte ab.